Die Stiftung – heute Teil der Johannesstift Diakonie – unterhält vor allem ein Krankenhaus sowie weitere medizinische und Pflegeeinrichtungen. Sie ist durch eine seit 1914 bestehende Krankenpflegeschule, die 1950 erteilte Berechtigung zur Facharztausbildung und die weiterbildende Paul Gerhardt Diakonie-Akademie aber auch unmittelbar in Ausbildungsprozesse involviert. Seit 1932 bzw. erneut seit 1992 ist das Krankenhaus Akademisches Lehrkrankenhaus der Universität Halle-Wittenberg. Auch Praktisches Jahr und Famulatur werden angeboten, ebenso ein jährlicher Sommerkurs für Medizinstudenten.
Langjährige wissenschaftliche Kontakte pflegt die Stiftung zur Medizinischen Fakultät der MLU in Halle, nicht zuletzt wurden und werden zahlreiche Promotionen und Habilitationen von Krankenhausärzten dort verteidigt. Daneben ist die Paul-Gerhardt-Stiftung auch durch die Teilnahme an klinischen Studien, die Ausrichtung von Kongressen, Profilierungen auf den Gebieten Urologie und Geriatrie sowie die Lehrtätigkeit von Chefärzten an den Universitäten in Halle und Berlin in den akademischen Betrieb eingebunden.