Am 1. Mai und am 18. Oktober wählt der Senat für jeweils ein Semester den Rektor der Universität in der Schlosskirche, wo auch dessen zeremonielle Investitur stattfand. Formal war der Rektor das Haupt der Universität. Er vertrat sie nach außen, er war Kopf der Verwaltung, ihm oblagen Geschäftsführung und akademische Gerichtsbarkeit.
Die herausgehobene Stellung der Rektoren ist auch in den Matrikelbüchern der LEUCOREA zu erkennen. Ein künstlerisch aufwendig gestaltetes Rektoratsblatt stand am Anfang der Matrikeleinträge eines jeden Semesters. Rechtlich war der Rektor auch derjenige, der die Immatrikulation der Studenten vollzog und verwaltete. Ebenfalls am 1. Mai und am 18. Oktober wurden die Dekane, die Spitzen der vier LEUCOREA-Fakultäten, von den Fakultätsmitgliedern gewählt.